ImageJだけでプラグインを作ることが出来ます。 チュートリアル、リファレンスはこちら。
具体的には、
という流れなので、特に準備すること無く始めることが出来ます。
でも、Eclipseを使うと更に便利です。入力補完機能やデバッガあるので作業が捗るはずです。ImageJ Documentation Wikiに設定手順が載っています。
最初の設定はちょっと大変です。Java Development Kit(JDK)とEclipseをインストールし、ImageJ Documentation WikiのThe ImageJ Eclipse Howtoを見ながら設定を進めてください。WindowsでもMacでもLinuxでも大丈夫です。
Wikiには4通りの方法が載っていますが、ImageJのSource Codeを取り込んでプロジェクトを作っておく方法がお勧めです。わからないことが出てきたらすぐにImageJのソースコードを見ることができるため、プラグイン開発についての理解がより進むはずです。この方法では、Eclipseの複数のプロジェクトについて設定していかなければいけないので、Eclipseに慣れていな人は混乱するかもしれません。スクリーンショットを見ながら説明に従って根気よく設定を進めれば大丈夫だと思います。
一旦設定してしまえば、Eclipseの「Run」ボタンからをビルダー選択するだけで、作ったプラグインがインストールされた状態のImageJが起動します。